Vojni ujetniki so pripadniki oboroženih sil ali osebe, ki jim mednarodno pravo priznava pripadništvo oboroženim silam in ki so se znašli pod oblastjo nasprotnika. V skladu z ženevskimi konvencijami za zaščito žrtev vojn je treba z njimi ravnati humano, pri čemer se morata spoštovati njihova osebnost in čast. Oblasti, ki so vojaške obveznike zajele, jih lahko namestijo v ujetniška taborišča, pri čemer se jim nudi brezplačna nastanitev, prehrana in zdravniška oskrba. Za čas ujetništva morajo upoštevati predpise vojaške discipline ter morajo, razen častnikov, opravljati delovne naloge, ki pa ne smejo biti vojaškega značaja. Ženevske konvencije predpisujejo pogoje namestitve, prehrane, dela, kaznovanja, stikov z zunanjim svetom in zastopanje njihovih interesov idr. Po koncu vojne morajo biti vsi vojni ujetniki osvobojeni in se jim mora dovoliti vrnitev v domovino.

Spodnji graf ponazarja število zajetih pripadnikov JA po posameznih pokrajinah in dobro kaže intenzivnost bojnega delovanja, sposobnosti koordinacijskih podskupin, poveljstev in enot TO ter pogajalskih spretnosti pristojnih poveljnikov in institucij. Skupaj je bilo v akcijah zajetih 2663 pripadnikov JA, od tega 253 častnikov in podčastnikov. Brigada MORiS, takrat uradno poimenovana še kot 30. razvojna skupina TO, v statistiki tega in naslednjih prikazov nastopa v rangu pokrajine zaradi svojega pomena ter svoje neposredne podrejenosti Republiškemu štabu TO in Koordinacijski skupini (njen poveljnik je bil član Koordinacijske skupine).²¹⁵

Spodnji graf prikazuje število pripadnikov JLA , ki so pobegnili iz enot in poveljstev armade ter se predali slovenskim oblastem. Skupaj je prebegnilo 3090 pripadnikov JLA, od tega 281 častnikov in podčastnikov. Tudi ta graf dobro kaže aktivnost v posameznih pokrajinah oziroma koordinacijskih podskupinah.²¹⁶