Predsedstvo RS kot vrhovni poveljnik OS

Slovenska skupščina je 27. septembra 1990 sprejela in naslednji dan razglasila ustavne amandmaje št. 96, 97 in 98 k Ustavi Republike Slovenije. Z njihovim sprejetjem je bila poudarjena suverenost Republike Slovenije v odnosu do federacije in na obrambnem področju. Amandma št. 96 je določil, da se določbe Ustave SFRJ, ki niso v skladu z Ustavo Republike Slovenije, v Sloveniji ne uporabljajo več. Slovenska skupščina bo z ustavnimi zakoni določila, katere določbe zveznih zakonov in drugih aktov bodo razveljavljene; novi zvezni zakoni, izdani po uveljavitvi tega dopolnila, pa bodo veljali le s soglasjem skupščine. Z amandmajem št. 97 je Slovenija prevzela odločanje o služenju vojaškega roka, TO in njenem poveljniku. Na novo so bili urejeni imenovanje in razreševanje poveljnika TO, ki je s tem prešlo v pristojnost Predsedstva Republike Slovenije, način služenja vojaškega roka in druga vprašanja vojaške obveznosti. 28. septembra 1990 je skupščina sprejela in razglasila še ustavni zakon za izvedbo ustavnih amandmajev 96 in 97 k Ustavi Republike Slovenije na področju ljudske obrambe. Pristojnost nad TO v miru in izrednih razmerah je prenesla na Predsedstvo Republike Slovenije, ki je s tem postalo njen poveljnik. Določene zadeve vodenja je predsedstvo lahko preneslo na republiškega sekretarja za ljudsko obrambo (RSLO). V primeru napada od zunaj (v neposredni vojni nevarnosti ali vojni) je za Slovenijo še vedno veljalo določilo o enotnosti Oboroženih sil SFRJ, kar je pomenilo, da Predsedstvo SFRJ v tem primeru še naprej poveljuje TO Slovenije. Republiški štab TO je postal organ v sestavi RSLO, poveljnik TO RS je za uporabo TO v miru in izrednih razmerah odgovarjal Predsedstvu Republike Slovenije. S sprejetjem ustavnega zakona 28. septembra je Predsedstvo Republike Slovenije prevzelo poveljevanje TO in še isti dan sprejelo odlok št. 830-01-15/90 o razrešitvi poveljnika TO RS in načelnika RŠ TO ter imenovanju vršilca dolžnosti načelnika RŠTO. Za vršilca dolžnosti načelnika RŠTO je imenovalo majorja Janeza Slaparja in razrešilo poveljnika TO RS generalpolkovnika Ivana Hočevarja in načelnika RŠTO generalmajorja Draga Ožbolta. JA je kot povračilni ukrep zasedla stavbo RŠTO na Prežihovi 4 v Ljubljani. 4. oktobra 1990 je skupščina sprejela še ustavni zakon za izvedbo ustavnega amandmaja 96 k Ustavi RS in z njim določila, katere določbe zveznih zakonov, drugih predpisov in splošnih aktov zveznih organov se v Republiki Sloveniji ne uporabljajo več.

Predsedstvo Republike Slovenije je 18. marca ustanovilo Republiško koordinacijsko skupino – operativno koordinacijsko telo za primer izrednih razmer za usklajevanje varnostnih in obrambnih priprav ter vodenje in usklajevanje oboroženega boja in civilne obrambe, ki je 26. maja ustanovila pokrajinske koordinacijske podskupine. Na razširjeni seji slovenskega predsedstva 29. marca 1991 so sklenili, da je treba pospešiti priprave na osamosvojitev, zato so na sestanku dali pobudo za projekt osamosvojitev in štirinajst delovnih skupin, ki bi jih podrobneje opredelili na sestanku v prihodnjih dneh. V začetku aprila so se s tem namenom na Brdu pri Kranju začeli sestanki projektnih skupin, ki so pripravljale osamosvojitev. V Centru za obrambno usposabljanje v Poljčah je bila 13. maja tajna razširjena seja predsedstva (poleg članov predsedstva so se je udeležili France Bučar, Lojze Peterle, Janez Janša, Igor Bavčar, Jelko Kacin, Janez Slapar in Miran Bogataj), na kateri so obravnavali pripravljenost na varnostnem in obrambnem področju. Po seji je namestnik RSLO Miran Bogataj na podlagi dokumenta Možne variante razdružitve z obrambnega vidika, ki so ga obravnavali na sestanku, pripravil osnutek smernic o ukrepih za pripravljenost, v katerih so bili izdelani postopki in naloge posameznih organov. Posebna pozornost je bila namenjena ukrepom civilne obrambe, ker je bilo treba pomanjkanje orožja in vojaške opreme nadomestiti z različnimi improvizacijami, ki so se pokazale kot zelo učinkovite. Na skrivni seji razširjenega predsedstva 15. maja (v zasedbi: člani Predsedstva RS: predsednik Milan Kučan in člani Matjaž Kmecl, Ivan Oman, Dušan Plut, Ciril Zlobec, predsednik skupščine, parlamenta France Bučar, član Predsedstva SFRJ iz Slovenije Janez Drnovšek, podpredsednika republiške skupščine Vane Gošnik in Vitodrag Pukl ter ministri Igor Bavčar [notranje zadeve], Janez Janša [obramba] in Jelko Kacin [informiranje]) so se dogovorili o zadnjih pripravah in nato sprejeli obrambne in varnostne smernice za zavarovanje slovenske osamosvojitve. Izdelali so več različic in predvideli različne stopnje ukrepov. Ko jih je Predsedstvo Republike Slovenije 15. maja sprejelo, je z njimi odredilo stalno delovanje centrov za obveščanje, okrepljeno varovanje sedežev upravnih organov za ljudsko obrambo, štabov TO in organov za notranje zadeve, uvedlo nepretrgano dežurstvo v Republiški koordinacijski skupini, izvajalcem pa naložilo izvedbo načrtovanih ukrepov. Na predlog predsednika skupščine Franceta Bučarja so sklenili, da koordinacijske dejavnosti za osamosvojitev operativno vodi predsednik predsedstva Milan Kučan. Javnosti je bila namenjena druga seja predsedstva isti dan, na kateri so sodelovali predstavniki TO in milice. Načelnik RŠTO Janez Slapar je na njej poročal o ukrepih za prehod TO v oborožene sile slovenske države, pripravljenosti za izvajanje nalog in o bojni pripravljenosti.

Slovensko vodstvo se ni sprijaznilo z agresijo JA in tako je predsedstvo že na dopoldanski seji 27. 6. odredilo izvajanje pripravljenih ukrepov za oviranje manevra enot JA, blokado infrastrukturnih objektov in uporabo TO za obrambo objektov in komunikacij, načelnik RŠTO pa je v skladu z odločitvijo predsedstva ukazal vsem koordinacijskim podskupinam bojno delovanje za zagotovitev načrtovanih nalog. Po ukazu predsedstva o oboroženem oviranju napredovanja JA, blokadi vojašnic in zavarovanju vitalnih objektov in komunikacij so se postopno razvili oboroženi spopadi. Med spopadi so člani predsedstva bili v stalnem stiku s predstavniki jugoslovanskih oblasti ter tujih držav in mednarodnih organizacij, ki jim je bil primarni cilj zaustaviti agresijo. Prav tako je večkrat pozvalo vse starešine in vojake na služenju vojaškega roka v JA, naj zapustijo enote in ne sodelujejo v napadu na Republiko Slovenijo. Po drugi strani je odredilo mobilizacijo TO RS v obsegu, potrebnem za obrambo suverenosti RS, in pooblastilo načelnika RŠTO, da določi vrsto enot in število vpoklicanih pripadnikov. Po koncu spopadov in premirju so se začela pogajanja s predstavniki jugoslovanskih oblasti, ki so se zaključila z brionskim sporazumom ter odhodom JA z ozemlja Slovenije.